O PPEAMB oferece, anualmente, 15 vagas para o curso de mestrado e 10 vagas para o doutorado, disponibilizadas por meio de edital, conforme o período estabelecido no calendário acadêmico da UFRPE. Podem se inscrever candidatos com graduação em Engenharia Ambiental ou áreas afins, como Engenharia Civil, Engenharia Química, Engenharia Sanitária, Engenharia Agrícola e Ambiental, entre outras.

Também é permitida a inscrição de estudantes que estejam concluindo a graduação (para o mestrado) ou o mestrado (para o doutorado), desde que apresentem, no ato da inscrição, uma declaração da coordenação do respectivo curso ou programa informando a data provável de conclusão. No entanto, a matrícula só será efetivada mediante a apresentação do comprovante de conclusão do curso.

Além do diploma (ou documento equivalente), os candidatos devem apresentar, no ato da inscrição: histórico escolar da graduação e, no caso de inscrição para o doutorado, também o histórico escolar do mestrado; currículo vitae cadastrado na Plataforma Lattes, devidamente comprovado; e um projeto de pesquisa, conforme o modelo disponibilizado em edital de seleção.

A seleção dos candidatos ocorre em duas etapas: análise do projeto de pesquisa e avaliação do currículo vitae. A análise do projeto é de caráter eliminatório e classificatório, considerando a qualidade da redação e a aderência às linhas de pesquisa do PPEAMB (nota de 0 a 5). Em seguida, há uma arguição virtual, realizada por uma banca composta por três docentes, na qual o(a) candidato(a) deverá demonstrar domínio sobre o tema proposto (nota de 0 a 5). Serão aprovados para a etapa seguinte (avaliação do currículo) os candidatos que obtiverem, na soma das notas da análise e da arguição do projeto, nota igual ou superior a 6,0 (seis).

Na etapa de avaliação do currículo vitae (nota de 0 a 10), são consideradas as atividades acadêmicas e profissionais dos candidatos, com base em barema de pontuação definido no edital. A nota final do(a) candidato(a) é calculada por média ponderada, sendo atribuídos pesos 3 para o projeto de pesquisa e 7 para o currículo vitae.

Todo o processo seletivo é conduzido pela Comissão de Seleção e Gestão de Bolsas de Estudo (COSEGE) do PPEAMB, composta pelo coordenador e seu substituto eventual, dois representantes docentes, um representante discente e um representante dos técnico-administrativos. Cabe à COSEGE garantir a transparência e a lisura de todo o processo seletivo, bem como utilizar a classificação final dos candidatos para a distribuição das bolsas de estudo disponíveis.